La carrière littéraire de Gilles Pellerin a d’abord été associée à la nouvelle. Depuis 1982, il a fait paraître six recueils, trois anthologies et un essai qui consacré au « petit genre », sans compter qu’il a contribué, à titre d’éditeur, à la publication de plus de 180 livres de nouvelles. Ensuite, il a tâté du roman, de la correspondance et de l’essai (sur Québec, la littérature, la culture, le français et la mythologie). On l’a traduit en anglais, en espagnol, en néerlandais, en serbe, en polonais, en tamil, en suédois et en allemand. Il a tenu des chroniques littéraires dans des revues et à la radio, travaillé en librairie, enseigné la littérature au Cégep Garneau jusqu’en 2019. Il a été associé à de nombreuses initiatives littéraires et culturelles.

• Horoscopiques, Québec, L’Instant même, 2022.

• Les mythes littéraires. Naissance et création, en collaboration avec Georges Desmeules, Québec, L’instant même, 2015.

• Un homme mesuré, Québec, L’instant même, 2015.

• Les mythes littéraires. Épopées homériques, en collaboration avec Georges Desmeules, Québec, L’instant même, 2013.

• i2 (i carré) (nouvelles), Québec, L’instant même, 2012.

• Vingt-cinq ans de nouvelles : une anthologie québécoise, en collaboration avec Philippe Mottet, Québec, L’instant même, 2011.

• Où tu vas quand tu dors en marchant ? Un théâtre, une ville, en collaboration avec Chantal Poirier et Philippe Mottet, Québec, L’instant même, 2010.

• Lumières du Nord (correspondance avec Stefan Hertmans), Québec, L’instant même, 2007.

• Grandir dans la neige (livre pour enfants), Québec, Musée National des Beaux-Arts du Québec, 2007.

• Le Vieux-Québec sous la neige (essai), photographies de Claudel Huot, textes de Michel Lessard et Gilles Pellerin, Montréal, L’Homme, 2003.

• Un continente a la deriva? Antología de narradores de Quebec. Selección y prólogo de Gilles Pellerin, México, Fondo de Cultura Economica, coll. Tierra Firme, 2003.

• Anthologie de la nouvelle québécoise actuelle établie et présentée par Gilles Pellerin, Québec, L’instant même, 2003.

• La mèche courte : le français, la culture et la littérature (essai), Québec, L’instant même, 2001.

• Carnets du Saint-Lauren, texte et aquarelles de Gilles Matte, avec la participation de Gilles Pellerin pour le texte, Québec/Laval, Les Heures Bleues, 1999.

• Nous aurions un petit genre : publier des nouvelles (essai), Québec, L’instant même, 1997.

• Récits d’une passion : florilège du français au Québec (essai), Québec, L’instant même, 1997.

• Dix ans de nouvelles : une anthologie québécoise, Québec, L’instant même, 1996.

• Québec. Des écrivains dans la ville (essai), Québec, L’instant même / Musée du Québec, 1995.

• Je reviens avec la nuit (nouvelles), Québec, L’instant même, 1992.

• Principe d’extorsion (nouvelles), Québec, L’instant même, 1991.

• Ni le lieu ni l’heure (nouvelles), Québec, L’instant même, 1987; en poche : Québec, L’instant même, 2004.

• Les sporadiques aventures de Guillaume Untel (nouvelles), Hull, Asticou, 1982; Réédition : Asticou, 1989.

• Prix de la nouvelle Ville d’Ottignies–Louvain-La-Neuve (2022), pour Horoscopiques.

• Prix hommage du Salon international du livre de Québec (2013).

• Chevalier de l'ordre des Arts et des Lettres Chevalier de l'ordre des Arts et des Lettres de la République française et Membre de l'Ordre des francophones d'Amérique (2009)

• Prix du rayonnement des lettres belges à l’étranger du ministère de la Communauté française de Belgique (2009).

• Prix littéraire Ville de Québec / Salon international du livre de Québec (2005), pour Ï (i tréma).

• Prix de l’Institut canadien de Québec pour son travail d’écrivain et d’éditeur (2003)

• Prix François-Samson du développement culturel du Conseil de la culture des régions de Québec et de Chaudière-Appalaches (1996).

• Prix Logidisque de la science-fiction québécoise (1988), pour Ni le lieu ni l’heure.

• Prix de la nouvelle littéraire de l'Office franco-québécois pour la jeunesse (1988), pour Le songe.